根据昌吉州发改委、新疆社会科学院课题组的《昌吉回族自治州》主体功能区规划，城镇化是昌吉州重点开发区域（含优化开发区）的主要发展内容，以新型城镇化、现代服务业为主导的发展区域。范围为昌吉市、阜康市、奇台县中心城区、吉木萨尔县中心城区、呼图壁县中心城区、玛纳斯县中心城区。形成“一核两群、三轴四区，两心四流”的整体城镇体系布局。重点是优化调整城镇产业结构，提高城市承载能力，提升城市功能和品质，改善人居环境，形成“园林在城中”的城镇格局。
一、一个都市产业发展极核
以乌鲁木齐市、昌吉市、阜康市、五家渠市为核心，整合呼图壁县和高新区、农业科技园、甘泉堡等城镇和产业园区，以及滨湖、大西渠、二十里店等重要乡镇构建都市区产业发展极核，围绕乌鲁木齐、昌吉、阜康等中心城市和副中心城市，增强协调合作，充分发挥大城市、重点城镇的产业辐射带动作用，协调布局产业和城镇职能，加强各城镇间的交通联系，建立都市区交通网络，实现城镇间的资源整合、优化配置，建立协作机制，依托乌鲁木齐市、昌吉市融合阜康市、五家渠市，打造区域经济增长极，形成区域产业协调发展格局。
二、两个城镇产业密集发展群
为实现昌吉州在全疆的三个率先目标，规划昌吉州东西部形成两个城镇密集产业发展群。依托城镇现在发展格局规划在西部形成以石河子、玛纳斯为发展核心包含包家店等周边乡镇以及兵农团场的城镇产业发展组群，加强两市在产业上的互动交流，石河子是依托农场以工业为主导的城市，工业基础雄厚，而玛纳斯县是农业大县，工业较为落后，两市都有较为发达的农业和城市休闲旅游业，在农牧业现代化和城市发展合作及交流上前景广阔。加强两市在产业间的合作和基础设施的共建起共享，更有利于两市的合作共赢。根据昌吉州东部县市发展实际，规划在东部的奇台县、吉木萨尔县及三台镇、北庭镇、吉布库镇等周边城镇形成一个产业发展群，奇台县是昌吉州大力建设的三个支点城市之一，因此在东部城镇产业发展群中要充分发挥奇台县的支点城市作用。
三、三条城镇-产业发展轴
一条沿天山北坡城镇产业发展轴：沿天山北坡，建设以绿洲城市和工业园区为主体的城镇产业发展带，东联吐鲁番、哈密地区，西接石河子及奎克乌地区，形成一条连接中亚与内陆地区具有新疆区域特色的资源开发带、城镇发展带和经济产业带。
以东西向主要交通线路为轴线，贯穿昌吉州绿洲区域，串联昌吉州各县市以及城镇主要发展区和重点城镇，并在东部形成串接准东开发区的环状轴线，轴线向外延伸对接乌鲁木齐市、石河子市以及东部哈密地区，即是内部城镇主要发展轴又是对外重要联系轴。昌吉州几乎全部重要城镇及发展区均分布在此轴线上，地位重大，通过交通设施建设继续强化东西向发展主轴线。
昌吉州西部地区北部沿甘莫公路形成兵团城镇发展轴，以乌鲁木齐为起点，串接五家渠市、兵团重要城镇及产业园区，以兵地协调发展为原则，加强兵团城镇与五家渠市、乌鲁木齐市的联系；东部地区南部天山山地形成旅游发展轴线，串联重点旅游城镇，强化旅游城镇与重点城镇及主要交通线的联系，大力开发南部山地旅游资源，加强旅游城镇建设。实现区域联动，促进昌吉州各县市之间、县市与兵团之间协调发展。
四、四个产业经济合作区
培育“乌-昌”、“奇-吉”、“准东”、“石-玛”四个各具特色、各有分工的产业经济合作区。
1.乌-昌产业经济合作区是中国向西开放，参与中西亚经济合作的先峰区；面向中亚、西亚的国际商贸中心，物流中心、金融中心、文化交流中心，中国西部地区的先进制造业基地、休闲度假基地和交通枢纽。重点发展总部办公、现代商业、高端装备制造、农副产品精深加工、食品制造、旅游服务、出口加工、生物能源、纺织等产业；
2.石河子-玛纳斯产业经济合作区：立足农业集约化发展的优势及水资源优势，建设绿洲型生态城市典范，重点发展现代农业、生态观光、特色林果种植及加工、制造业、纺织工业、新型材料（建材）、绿色有机食品加工业、旅游产业、现代物流服务业、养老养生、产业培训教育等行业，打造农牧业现代化产业示范区；
3.奇台-吉木萨尔产业经济合作区：该经济区立足于准东资源优势和第二条出疆通道形成的区位优势，建设服务于准东开发的生产与生活服务基地，重点发展煤化工延伸产业、旅游产业、商贸服务业、现代物流服务业、养老养生、现代农业等产业，使该区域成为昌吉州东部区域发展的增长极；
4.准东产业经济合作区：该区域以建设世界级煤炭、煤电、煤化工为重点的煤炭资源综合利用产业聚集区，国家战略型能源开发综合改革试验区，产城融合发展的生态型园区为目标，通过大力发展煤电产业、煤化工产业、煤制气产业、煤电铝一体化产业、新型建材产业等，把该合作区建设成煤炭资源储备和能源综合利用示范基地。
该区域是根据煤炭资源的分布形成的，是以准东的五彩湾与芨芨湖、将军庙形成依托矿产资源开发的产业区域，而合作区域涉及昌吉州东边各县市范围。因此，准东产业园区不仅是本园区的发展，也是需要协调好昌吉州东部县市产业合作的重要区域。该合作区域要按照工业化与城镇化协调发展的总体要求，通过开发区项目引进，不断增加就业岗位，扩大就业人口规模，提升开发区的服务配套能力，营造产业新城。要注重完善开发区的居住，教育、医疗卫生、环境质量、旅游设施、商业服务等生产生活服务功能建设，完善城镇载体建设，促进第三产业发展；要协调开发区和城镇的规划建设，以园区建设带动新城发展，以城镇功能完善促进园区产业的提质扩容。
五、三个现代综合服务中心
昌吉市现代综合服务中心：依托乌鲁木齐市将昌吉市打造成辐射全疆乃至中亚地区的现代综合服务中心，重点发展总部办公、现代商业、对外贸易服务、金融、信息、商业会展、教育、科技研发、旅游、文化等现代服务产业。
奇台县现代服务中心：依托准东经济技术开发区，将奇台建设成为昌吉州东部地区重要的现代服务中心，为准东的发展提供支撑，重点发展生活居住、旅游休闲娱乐、总部办公、金融服务、商务信息、商贸物流、房地产等产业。
阜康区域旅游服务中心：依托“首府都市圈副中心、国际旅游名城”的城市发展目标，突出乌昌都市区旅游集散中心、服务于能源工业基地的生态宜居城市”功能定位，大力发展旅游服务业、现代服务业，积极推进会展中心、现代服务中心的建设等。
六、 四个物流聚集功能区
1.昌-阜-呼物流聚集功能区：该功能区依托昌吉市、阜康市和呼图壁县物流产业载体，建立连片性地级物流基地。其功能定位是新疆商贸物流网络体系的重要枢纽、天山北坡经济带的核心物流枢纽、乌鲁木齐市商贸物流接替区。其中要把昌吉市和阜康市建设成为乌昌地区物流集散次中心。
该物流基地充分利用乌鲁木齐作为全国物流节点城市和新疆物流中心城市的有利条件和物流资源，依托乌昌公路铁路航空综合交通枢纽整体，与周边石河子市、五家渠市物流产业载体实现有效衔接，形成以乌鲁木齐-昌吉物流结点为中心的既具有独立运作能力，又能够实现自治区多层次物流网络的综合物流网络系统。
地级物流基地重点发展空港、公路和铁路物流。该物流功能区中，昌吉市重点建设新机场空港物流园区、昌吉火车站三工物流园区、昌吉高新区物流园区。将昌吉机场建成乌鲁木齐国际机场临空经济区，力争建设成为我国特色临空经济核心典范区、西部航空经济示范先行区、面向中亚地区的内陆开放型经济实验先导区和投资贸易合作先行区；昌吉火车站现代物流园要有效连接三坪集装箱中心站和乌北站，使该物流园成为乌鲁木齐铁路国际物流园区的辅助园区。阜康市建设基于市域产业需求的货运枢纽及场站型物流中心，并与甘泉堡物流园区和米东物流园区实现有效衔接。呼图壁县建设基于市域产业需求的货运枢纽及场站型物流中心并于昌吉市高新区物流园区实现有效衔接。昌-阜-呼物流功能区各主要城镇设立农村物流站点。
2.准东物流聚集功能区：该功能区以准东煤电煤化产业带的建设为依托，以将军庙火车站建设、准北铁路的建设、哈将线的建设为契机，积极发展煤炭煤化工物流。其功能定位为新疆煤炭煤化工物流的核心区。准东煤电煤化工产业带重点建设将军庙物流园区，并在奇台-木垒一线建设辅助性煤化工物流中心。
3. 天山东部物流聚集功能区：该功能区以奇台县为核心，辐射吉木萨尔县和木垒县，建设天山东部物流中心。其定位为昌吉州东部重要的农业和商贸物流枢纽。其中奇台县重点建设农产品物流中心，兼备东部区公路货运枢纽的职能。在吉木萨尔县规划一级公路货运场站一处和木垒县规划二级公路货运场站一处。区域内人口密集和产品量大的城镇规划建设农村物流站点。
4. 玛-石物流聚集功能区：该功能区基于玛纳斯县物流产业载体，以石河子经济技术开发区、石河子货运站和石河子火车站为辅，形成融合发展的玛-石物流聚集功能区。其定位为昌吉州西部重要的商贸物流中心。石玛物流聚集区主要依托玛纳斯乐土驿物流园和万源国际物流园，形成呼图壁县、石河子市及沙湾等周边城市的棉花等农产品、煤化工、铝产品发展相关配套的运输、仓储、配送等物流体系。同时以石河子货运站和火车站为辅的货运体系。在县域主要城镇设立农村物流站点。
七、多个产业基地
在各个县市建立现代物流服务基地、出口加工基地、科研孵化基地、果菜供应基地、养老养生基地、奶源和肉源供应基地、特色农业基地、观光度假基地、苗木花卉生产交易集散基地等多种类型的农业产业化基地和现代服务业基地。
八、一个自由贸易区
以新机场建设为核心，发挥航空、公路、铁路集聚的优势和区位等多方面的优势，围绕新机场向自治区和国家申请，建成一个方圆50平方公里左右的区域性自由贸易区。
