我国城镇化之所以出现了一些突出问题，根本原因在于相关制度不完善，特别是城乡分割的二元制度依然存在。只有深化改革、创新制度，才能有效解决这些问题，积极稳妥推进新型城镇化。
从总体上看，目前我国城镇化的主要问题是城镇化质量不高，部分地区程度不同地出现了“半城镇化”、“被城镇化”、“房地产化”、城镇“空壳化”、“三无农民”等问题。这是人口城镇化滞后于工业化、滞后于人口非农化、滞后于土地城镇化以及农业现代化滞后于工业化和城镇化、中西部城镇化滞后于东部城镇化、城镇建设和管理滞后于人口城镇化“六个滞后”的现实表现。
提高城镇化质量、推进新型城镇化，主要着力点就是有效解决突出问题，消除“六个滞后”。我国城镇化之所以存在这些问题，原因是多方面的，包括人多地少、农民数量庞大、工业化和经济发展水平不高、城镇化资金不足等，但主要原因在于户籍、社会保障、土地、住房、就业、教育等方面城乡分割的二元制度。比如，户籍制度城乡有别、社会保障制度不健全，导致进城务工经商、实现了非农化的农民不能同时实现市民化，享受不到与城镇居民同等的社会保障和福利待遇，造成人口城镇化滞后于人口非农化，出现了“半城镇化”现象；土地制度特别是征地拆迁补偿制度不完善，导致占地过多、征地拆迁矛盾尖锐，造成“被城镇化”、“房地产化”、城镇“空壳化”、“三无农民”等现象，导致人口城镇化滞后于土地城镇化；等等。
推进新型城镇化，最重要的就是深化改革、创新制度，破除提高城镇化质量的制度障碍。推进新型城镇化，需要多方面的制度创新。其中，户籍制度被很多人认为是推进新型城镇化的主要障碍，推进制度创新最重要的是改革户籍制度。其实不尽然。改革户籍制度不是简单地放开或取消的问题。实际上，户籍制度已不能阻止农民进城，而只是阻止进城农民获得市民身份、实现市民化。户籍制度之所以难改、迈不开大步，困难不在户籍制度本身，而在和户籍制度紧密联系在一起的城乡有别的社会保障和福利制度难以改变。事实上，现在还不能让进城农民都享有与城镇居民同等的社会保障和福利待遇，或者说还做不到所有市民和农民都享有同等的社会保障和福利。因此，城镇化最重要的制度创新不是户籍制度改革，而是社会保障制度的建立健全。
中央城镇化工作会议明确提出，全面放开建制镇和小城市落户限制，有序放开中等城市落户限制，合理确定大城市落户条件，严格控制特大城市人口规模；把促进有能力在城镇稳定就业和生活的常住人口有序实现市民化作为首要任务。这的确是积极稳妥推进城镇化的重要措施和合理安排，有利于已经实现了非农化的农民工进一步实现市民化，有助于消除“半城镇化”即人口城镇化滞后于人口非农化和土地城镇化的不合理现象。但是，如果只有户籍制度改革的单兵独进，没有社会保障、土地、住房、就业、教育等制度的协调配套改革，其效果就可能大打折扣，即使给了农民城镇户口，他们也难以在城镇安居乐业，难以实现稳定的城镇化。因此，必须全面贯彻中央精神，全面深化相关改革。这主要包括：加快城乡社会保障制度改革，重点是使进城农民工享有与城镇居民同等的社会保障，最终目标是建立城乡统一的社会保障制度；改革土地制度特别是农地流转、征用、补偿制度，在被征地农民、政府和开发商之间合理分配土地增值收益，尽可能节约高效利用土地，合理满足工业化和城镇化的土地需求，切实保障农民的合法权益和粮食安全；深化城镇住房制度改革，加快改造棚户区，稳步解决进城农民工的住房问题；建立城乡统一的劳动力市场，消除就业和用工歧视；深化城乡教育制度改革，加强农民工职业培训，提高农民工素质，对农民工子女在教育上与城镇居民子女一视同仁。
