国内食品安全溯源系统有行业统一建设和企业自主投入建设两种形式。比较有代表性的食品溯源系统有国家质检总局2005年推广的“中国产品电子监管网”，商务部2010年起推广的“肉类蔬菜溯源系统”，类似食品溯源的“中国药品电子监管网”，农垦农产品质量追溯项目，北京市农业局食用农产品追溯系统;企业自主建设的食品溯源系统如茅台、张裕等企业建立的溯源系统。
●不能兼容 使用繁琐
安全溯源系统尚不可信
“中国产品电子监管网”影响最大，但也遇到强大阻力。中国产品质量电子监管网是产品质量监管部门运用信息化手段，为加强产品质量安全监管工作，面向全社会建立的公共服务网。该系统由国家质检总局与中信集团联合建立，对生产产品实行电子监管的全国性电子网络系统。该系统建成后引起很大争议，并成为《反垄断法》实施后的行政垄断“第一案”。最后的结果是该系统不再运行。中国产品电子监管网暴露出行政权力推广溯源平台的法律问题、社会公信力问题和可持续运营问题。类似该模式运行的“中国药品电子监管网”，相对来说取得了不错的成果，原因在于药品监管的特殊性和法律法规的保障。但是它也同样面临溯源信息单一、溯源系统依赖行政推动和行政投入、信息不能充分公开共享等问题。甚至很多地方药监部门获得相应信息都有一定障碍。
“肉类蔬菜溯源系统”由商务部推动建设，各城市通过申请中央补助资金成为试点城市开展建设。城市政府作为建设主体，各自在商务部的统一规范下，自行设计招标建设。地方建成的系统，和商务部的中央数据系统对接共享信息。该系统充分调动了地方政府的积极性，建设过程考虑各地具体情况，并尽可能采用了适用技术，建设推进速度比较快。该系统计划“十二五”期间覆盖所有百万人口以上城市。该系统具有食品溯源和商务流通信息统计和预警多重功能。
农垦农产品质量追溯项目、北京市农业局食用农产品追溯系统分别由农垦系统和北京市农业局建设。两个系统都是内部闭系统，在系统内企业和属地取得了一定效果，但是也主要靠行政推动，整体影响还比较小。
企业自建溯源系统最初目的是为了防伪，出于营销需要，加入了更多环节信息构成了溯源系统。目前也是各家一套体系，相互不兼容，消费者并不能很容易查询到产品的溯源信息。例如茅台的防伪溯源系统就需要专门的机器才能查看。此类系统，类似之前的防伪码系统，由于消费者查询信息繁琐等原因，用户使用率很低，据统计，用户查询率在4%左右，对食品安全和消费信心的增强作用不大。
以上系统都不能相互兼容，消费者使用繁琐，系统不能充分发挥传递信息的作用。同时，每个系统重复建设，建设成本高、推进速度慢，如果希望覆盖更多厂商和产品代价巨大。上述各系统也均不能覆盖食品安全问题可能产生的所有环节，还不是可信的食品安全追溯系统。
●食品安全溯源系统
面临新机遇和挑战
2013年3月国家改革食品安全监管体制，我国的食品安全监管基本由分段监管走向了集中监管，这为更好的保障食品安全、推进食品溯源体系建设奠定了良好体制架构。在2012年发布的《国家食品安全监管体系“十二五”规划》、《国务院关于加强食品安全工作的决定》提出要重点加强食品安全追溯体系建设，2013年4月发布的《2013年食品安全重点工作安排》中提出统筹规划建设食品安全电子追溯体系。食品安全监管的行政权力、执行能力更加集中、高效，食品安全问题在行政层面提升到新的高度。
行政管理水平的提高和食品安全水平的提升都需要更高层次的食品安全系统。因此，食品安全溯源系统的建设面临机构调整和政策力度加强的新机遇，同时也面临原有系统不兼容、行政和市场界限不明确、生产环节投入成本大、安全信息不充分、消费者查询信息不方便的诸多挑战。
●新监管体制下
各方需遵循共同标准
在新的监管体制下建设食品安全溯源系统，必须先要应对上述挑战，把目前溯源系统提高到更高的层次开展顶层设计统筹规划，做到兼容现有系统、分清市场和行政边界、降低生产环节投入成本、扩充食品安全信息、方便消费者查询监督。
应对上述问题，需要厘清食品安全溯源系统定位，提高认识。首先，食品安全溯源系统只是解决食品安全问题的技术手段之一，食品安全整体水平的提高根本上还是要靠落实主体责任、形成全社会共同治理的合理机制。因此，除法律规定的极特殊食品外，食品安全溯源系统不应该是政府运营、食品企业强制接入的，而应该是通过合理的社会分工，找到合理方案，企业自主选择。其次，食品安全追溯系统需要以最低成本运行，不能因为系统大幅增加企业负担，抬高商品价格。第三，食品安全溯源信息不能只有一个环节，要将企业信息、检测信息、执法、召回信息统一融合到食品安全追溯系统中去，这样食品安全系统才能更好地发挥作用。第四，消费者是最终的信息需求者和验证者，食品安全追溯系统要以消费者最方便的方式提供信息。最后，现有系统已经投入不少资金，有了用户群体，要尽可能实现兼容继续运行发挥作用。
基于以上认识，新的食品安全溯源系统应该由政府，社会公益、中立组织，企业，食品安全监测机构和消费者共同构建，以社会共治的模式发展。政府引导行业组织制定食品安全溯源相关标准，包括编码标准及其解析标准、公共服务平台技术要求、信息公开标准等，针对必要品种制定行政法规，其他品种可以参考执行。公益、中立单位按照标准运营食品安全溯源公共服务平台。公共服务平台通过对编码的解析服务为消费者提供查询溯源信息的统一入口，各企业向公共服务平台注册溯源信息服务器地址，实现溯源信息的共享和互联，类似于现在互联网中的域名系统。目前，在国家发改委的支持下，中国互联网络信息中心已经牵头建设国家物联网标识管理公共服务平台，可以提供该项服务。企业结合自身需求将各自维护(或托管到第三方)的溯源系统接入公共服务平台，实现食品安全溯源。消费者通过通用软件(移动浏览器、各种APP)等便捷方式访问信息并能反馈互动。食品安全检测机构根据同样的编码标准公开相关检验信息，通过第三方的搜索服务供消费者搜索查询。政府机构公开执法、召回信息，供消费者参考。在各方共同协作下形成开放、可持续的食品安全溯源新体系，为食品安全的社会共治提供技术平台支撑。
该系统中标准和法规是保障，公共服务平台是基础，必须先行规划建设。在标准统一、用户体验一致的前提下，可以多个平台共存互通，形成市场竞争，更好地为企业、消费者服务。标准和平台的建设是实现食品安全溯源系统互通和运营成本降低的关键。政府和检测检验机构的信息开放共享是建立社会共治监管体系的前提。
